Каталог скриптов от --user не попал в PATH сервиса

Куда pip положил скрипт и должен ли сервис вообще искать его по имени? Эти два вопроса, по порядку.

На первый отвечает python -m site --user-base, если запустить его от того же пользователя и тем же интерпретатором, что и сервис. Запуск из своей оболочки расскажет про вашу учётную запись, а это другая пользовательская база. Когда база известна, скрипты лежат в её каталоге bin.

Теперь второй, и его стоит решить до того, как трогать PATH. Юнит, в котором прописан /srv/app/.venv/bin/tool, работает при любом PATH, который выдаст менеджер служб, потому что shebang скрипта указывает на интерпретатор из venv. Добавить ~/.local/bin в PATH сервиса тоже можно, но тогда сервис зависит от домашнего каталога одной учётной записи.

А --no-warn-script-location лучше не трогать. В следующий раз именно эту строку с предупреждением и стоит искать в выводе.

Часть настройки потихоньку подставляла сама оболочка входа, PATH с ~/.local/bin, и в ваших собственных сессиях он просто оказался правильным. Путаница с интерпретатором обычно начинается там же, с того, какой pip оболочка находит первым.

Полный путь в юните решает, какая программа запустится. Но всё остальное, что инструмент подхватил из окружения входа, включая переменные, стоит выписать, прежде чем считать сервис исправленным.

У первого вопроса ajp пресный ответ. От имени пользователя сервиса python -m site --user-base выдаёт ~/.local его учётной записи, а не моей.

Теперь у сервиса свой venv, инструмент стоит там, а юнит смотрит на /srv/app/.venv/bin/tool. Под env -i он стартует нормально, вообще без PATH.